Luego de que Nacional se afiliara a la FIFA, en campeonatos organizados por la Comisión Delegada de Futsal de la Asociación Uruguaya de Fútbol, camisetas baloncesto el club obtuvo el título de liga en camiseta phoenix suns reiteradas ocasiones. A nivel internacional, la mejor participación de Nacional fue en 2003, cuando obtuvo el Vicecampeonato en el Torneo Sudamericano de Clubes de Futsal. En el 2012 fue el único representante de Uruguay en la Copa Libertadores Femenina disputada en Brasil, quedando eliminado en la primera fase.